へっぽこ博士のなんちゃって研究室

PythonやR、分子軌道計算等に関する記事を書きます

R : 原子量表のスクレイピング

R

pre.code { max-height : 500px; overflow : auto; white-space : pre; text-overflow : clip; } 0.事始め 原子量一覧が欲しかったので、日本化学会にて公開されているものからスクレイピングでデータフレームを構築しようとしたら、結構苦労したので、Rのソ…

Quantum ESPRESSO : qe-7.0ビルド 備忘録

1. ビルド環境 2. 前準備 2-1. ビルドツール類のインストール 2-2. Quantum ESPRESSO 7.0のダウンロード 3. ビルド&インストール 3-1. 同梱パッケージのみでビルド 3-2. APTパッケージによるビルド 3-3. ライブラリのソースビルド ○ Open MPI ○ libxc ○ LAP…

Quantum ESPRESSO : cif2pw

- 事始め - コード - コードの簡易説明 - 事始め しばらくxlt2pw*1のお世話になっていたのですが、変換をコマンドラインだけで完結したい、カットオフエネルギーを自動でセットしたい等、自分用に改良していったら別物になってしまったので、晒しておきます…

格子定数と格子ベクトルの相互変換

- 事始め - 格子定数と格子ベクトルの関係 Pythonのコード例 入力ファイルの一例 Pythonのコード例2 - 事始め Quantum ESPRESSO[*1]の入力ファイルに格子定数を入力するには、以下の2通りの宣言方法があります[*2]。 ・SYSTEMカード内にibravとcelldmを記述…

RDKit:分子が描画されないエラー

●事始め 久しぶりにRDKit(1)を使ったプログラムをJupyter Notebookで書いたら、 分子が描画されないエラー(2)が発生し、 色々と奔走してしまったので、その対処方法を備忘録として残しておきます。 結論から先に書いておくと、画像処理ライブラリPillowのバ…