へっぽこ博士のなんちゃって研究室

PythonやR、分子軌道計算等に関する記事を書きます

2021-01-01から1年間の記事一覧

Quantum ESPRESSO : cif2pw

- 事始め - コード - コードの簡易説明 - 事始め しばらくxlt2pw*1のお世話になっていたのですが、変換をコマンドラインだけで完結したい、カットオフエネルギーを自動でセットしたい等、自分用に改良していったら別物になってしまったので、晒しておきます…

格子定数と格子ベクトルの相互変換

- 事始め - 格子定数と格子ベクトルの関係 Pythonのコード例 入力ファイルの一例 Pythonのコード例2 - 事始め Quantum ESPRESSO[*1]の入力ファイルに格子定数を入力するには、以下の2通りの宣言方法があります[*2]。 ・SYSTEMカード内にibravとcelldmを記述…

RDKit:分子が描画されないエラー

●事始め 久しぶりにRDKit(1)を使ったプログラムをJupyter Notebookで書いたら、 分子が描画されないエラー(2)が発生し、 色々と奔走してしまったので、その対処方法を備忘録として残しておきます。 結論から先に書いておくと、画像処理ライブラリPillowのバ…